汽車人后代巨無霸（港譯：密斯姆）與霸天虎后代原始獸（港譯：巴達乾）繼續戰斗著。巨無霸領袖黑猩猩（港譯：奧迪武）率領分隊追擊原始獸的霸王龍（港譯：麥卡頓），雙方穿梭時空來到史前地球并墜毀在地球上。為了抵御地球的能量乾擾，他們都使自己變形為野獸，開始了一場野獸戰爭BEAST WARS。雙方在地球上陸續發現外星人的機關，在與外星人較量中，部分變形金剛轉化為恒定的金屬變體（TRANS METALS），戰斗異常激烈。霸王龍發現古老的戰艦方舟號，并試圖摧毀未蘇醒的擎天柱而改變歷史。黑猩猩在對戰中吸收了擎天柱的力量而進化為TRANS METAL ..