自從蓋塔射線被發現并作為一種重要的能源被廣泛使用以來，人類已經經歷了大半個世紀，但是，神秘的外星生物入侵者(Invador)自月面開始侵襲地球，人類瀕臨危機。于是，人們自發制造了大量的超級機器人前去應戰，終于擊退了這些怪物。　　然而隨著早乙女博士被謀殺身亡，世界蓋塔射線的研究權威機構——早乙女研究所漸漸被廢棄，被懷疑為當年殺害博士的元兇，正是原蓋塔隊隊長——流龍馬，如今已經被判處無期徒刑，處于監禁中。曾作為戰爭中擁有最強大力量的蓋塔隊也就此解散?！　∧橙?，原蓋塔隊成員——巴武藏和車弁慶在運送軍方重要物資的時候，于山路上再度遇見了消失..