這時正是戰國亂世之時。在一群被叫作機關人的機器人型超級人類（機械生命體）和人類共同生活的吉本國中、因為群雄割據而不斷發生戰亂、而機關武者們也以勝利和光榮為目標彼此展開較勁。在這些機關人中有1位出生在中國地方的山區・岡山里的宮本村的武藏，他不但是一位單純天真的孩子王也立志要成為第一名的武者、于是他離開村子展開修行之旅。在這趟旅程中，武藏除了遇到宿敵小次郎，也遇到各式各樣的機關人劍豪、英雄及壞人、和他們的戰斗不但讓武藏交到許多朋友，也讓他隨著每此的戰斗而逐漸成長為一名真正的劍豪。