本作故事發生在2045年，經濟災難“全球同時違約”爆發，令所有紙質和電子貨幣失效后，“四大國聯盟”陷入永不結束的“可持續戰爭”，保持經濟運行。在這個世界中，草薙素子、巴特和其他公安九課的成員把自己賣給了雇傭兵組織，以“GHOST”的名義展開行動，利用他們的控制增強組件和戰斗經驗謀生，同時消除全球的戰爭熱點。然而，后人類出現和前部長荒卷大輔發現的一個陰謀，令公安九課被迫再度集結。本季延續第 1 季結尾的懸念，公安九課與威脅人類存活的“后人類”終于開打。