故事發(fā)生在《甲賀忍法帖》10年后的寬永三年。為天下之權(quán)斗爭的歷史背后、忍者集團(tuán)甲賀與伊賀為了自己所效力的主人展開了一連串忍法殺戮戰(zhàn)爭，并在最終迎來了雙方全滅的結(jié)局──這場斗爭結(jié)束十年之后，寬永三年，甲賀五寶連所管束、擁有茅眼術(shù)操縱能力的少年「甲賀五郎」，與伊賀五花撰中能使用盾眼術(shù)的少女「伊賀響」終于相遇，他們以操縱超人之力、號(hào)稱成尋眾的神秘集團(tuán)為目標(biāo)，被卷入了一場一想不到的戰(zhàn)爭之中...